La Unidad de Laboratorios se encuentra repartida en distintas ubicaciones:
- Laboratorio central y laboratorios de especialidades se encuentran ubicados en la primera planta del Hospital General.
- Laboratorios de respuesta hospitalarias (Urgencias) se encuentran ubicados en la primera planta del Hospital General, en la primera planta del HNT y planta baja del Hospital de Alcaudete.
- Laboratorios de reproducción asistida se encuentran ubicados en la primera planta del Hospital Materno Infantil.
- Unidad de extracciones se encuentra ubicada en la planta baja del Hospital Materno Infantil.
