El Hospital Universitario de Jaén cuenta con una estructura dinámica que busca la calidad y la eficiencia en la actividad asistencial, y la proximidad con el paciente. La mejora en la gestión de recursos, la mejora continua en sus centros, potenciar la formación continua y el desarrollo profesional de sus trabajadores o fomentar la investigación, con el objetivo de convertir al centro jiennense en un hospital generador de conocimiento y de innovación sanitaria.